开办禽畜无害化处理中心需要配置消毒设备(可喷洒消毒液的池、通道、车棚)。还要设立病害动物扑杀场所，干化机、湿化机、污水污物处理设备，动物尸体密闭式运输车辆，操作工密闭服等。

为了将禽畜病菌传播速度降至更低，整个处理流程为密封式，收集车辆将周边养殖场、屠宰场的猪、牛、羊、鸡鸭等尸体收集后，在进入处理中心大门时需要经过消毒池，将轮胎和车身进行消毒。进入处理中心后，在卸料处有喷洒车棚，对车身进行喷洒消毒。

物料从车上卸出后，通过粉碎机、干化机、压榨机、磨粉机、污水处理设备等设施加工，变成可再利用的油脂与肉骨粉，操作员在进入到粉碎设备前需要通过消毒通道进行全身消毒。